L'idéal scientifique est aujourd'hui de parvenir à une mathématisation du réel : grâce à un ensemble d'équations et de règles strictement construites et unifiées l'univers sera compréhensible. Mais cette mathématisation a un corollaire : si elle permet de répondre à la question de comment, elle semble laisser de côté celle du pourquoi qui préoccupe tant les philosophes. Si pendant longtemps science et philosophie se confondaient, aujourd'hui le champ du savoir scientifique c'est tellement accru que la spécialisation est devenue obligatoire et les philosophes n'ont pas toujours réussi à suivre le mouvement. Nietzsche écrit dans Par delà le bien et le mal (§205) : « Les dangers qui menacent le développement du philosophe sont aujourd’hui en vérité si variés qu’on pourrait douter qu’un tel fruit soit désormais capable de venir à maturité. L’édifice des sciences a cru en périmètre et en élévation dans des proportions effrayantes et du meme coup s’est accrue la probabilité que le philosophe ne se fatigue dans son apprentissage ou ne se laisse arrêter en chemin et spécialiser :de sorte qu’il ne puisse plus parvenir à l’altitude qui doit être la sienne : celle d’ou le regard plonge pour prendre à vol d’oiseau, une vue circulaire. »
Ne peut-on envisager une réconciliation, une unification retrouvée. La philosophie est à la recherche du pourquoi et Aristote qui pense que la réflexion seule suffit pour rendre compte des lois de l'univers-Il est donc inutile de vérifier par l'observation. Personne avant Galilée ne cherchera à vérifier si des poids différents tombent à des vitesses différentes -affirme :«  je ne peux pas comprendre le comment de la nature si, d'abord, je ne réponds pas à la question du pourquoi . »Là où Aristote dira pour expliquer la chute d'un corps que ce qui est pesant a le désir de rejoindre son lieu naturel qui est le bas, le centre du monde-pour Aristote le repos est l'État idéal de chaque chose le mouvement n'est dû qu'à une force d'impulsion- Galilée lui donnant une explication, répondra à la question comment le phénomène se produit-il : l'espace parcouru est proportionnel au carré du temps.

Refutabilité: pour Karl Popper aucune connaissance scientifique n'étant l'adéquation parfaite avec le réel. La connaissance scientifique ne serait qu'une hypothèse, construite par notre entendement. La nature semble bien souvent coïncider. Lorsqu'elle infirme une théorie on peut être sur que celle-ci est à bannir mais quand elle semble la confirmer ce n'est peut-être pas définitivement.

La démarche scientifique essaye de répondre aux questions en construisant des théories explicatives. Ces théories sont réfutables-une bonne théorie est celle dont les principes sont réfutables contrairement aux croyances religieuses et aux mythes-elles peuvent être remises en cause. En effet dès que l'on tente d'apporter une explication, d'autres questions et des zones d'ombre apparaissent.
« La connaissance du réel est une lumière qui projette toujours quelque part des ombres. Elle n'est jamais immédiate et pleine./…./en revenant sur un passé d'erreurs, on trouve la vérité en un véritable repentir intellectuel. En fait, on connaît contre une connaissance antérieure, en détruisant des connaissances mal faites, en surmontant ce qui, dans l'esprit même, fait obstacle à la spiritualisation./…/face au réel, ce qu'on croit savoir clairement offusque ce qu'on devrait savoir. quand il se présente à la culture scientifique, l'esprit n'est jamais jeune. Il est même très vieux, car il a l'âge de ces préjugés. Accéder à la science, c'est spirituellement, rajeunir, c'est accepter une mutation brusque qui doit contredire un passé. »

écrit Bachelard